Územní souhlas nelze vydat, obsahuje-li závazné stanovisko dotčeného orgánu podmínky, nebo je-li takovým závazným stanoviskem vyjádřen nesouhlas, nebo pokud záměr podléhá posouzení z hlediska vlivů na životní prostředí podle zvláštního předpisu ( tzv. EIA), nebo záměr není navržen v zastavěném území nebo zastavitelné ploše, mění se podstatně poměry v území nebo záměr vyžaduje nové nároky na veřejnou dopravní a technickou infrastrukturu. Dalším důvodem pro nevydání územního souhlasu je nepředložení souhlasu sousedů (tj. osob, které mají vlastnické nebo jiné věcné právo k sousednímu pozemku nebo stavbě) se záměrem stavebníka.